El Museo está ubicado en una parte del antiguo Convento Grande de San Francisco de Querétaro, una destacada construcción virreinal de gran valor artístico y cultural, clave en la evangelización y promoción cultural en Querétaro. Forma parte del centro histórico de la ciudad, declarado Patrimonio Cultural de la Humanidad por la UNESCO. El edificio, que data del siglo XVI y fue ampliado en el siglo XVIII, sufrió modificaciones en 1879. Sus salas albergan colecciones arqueológicas, etnográficas, coloniales y contemporáneas, incluyendo cerámicas, esculturas, pinturas, muebles, vestimenta, armas, medios de transporte, fotografías y documentos.